Nel territorio di Biccari è stato scoperto l’insediamento neolitico a maggiore altitudine della Puglia, ad oltre 700 m di quota in località Boschetto, lungo la riva del torrente Organo, a pochi chilometri dall’attuale centro abitato.

Le origini del nucleo abitato di Biccari sono da porre tra il 1024 ed il 1054 ad opera dei bizantini del catapano Basilio Bojannes (Bogiano) e del vicario di Troia, Bisanzio de Alferana. Testimonianza dell’epoca è la torre cilindrica, facente parte di una serie di avamposti militari realizzati per meglio difendere la via Traiana, importante arteria di collegamento per i traffici ed il commercio tra l’Irpinia e il Tavoliere.

Il nome Vicari (Biccari) apparve per la prima volta in un atto dell’agosto 1054 con il quale la vedova Sikelgaita dona i suoi averi al monastero di San Pietro in Vulgano.

Dopo la vittoria sui Bizantini presso il fiume Olivento, un ufficiale normanno dell’esercito di Roberto il Guiscardo, un certo Pagano, si impossessò di Biccari e fortificò il primitivo nucleo abitato costituitosi all’ombra della torre, facendolo diventare una “città fortificata”. Lo stesso Pagano favorì la nascita a Biccari di un nuovo “vescovado”, ponendo come suo vescovo un sacerdote di nome Benedetto che sarà deposto da papa Alessandro II con una bolla del 1067. Guglielmo d’Altavilla, nipote di Roberto il Guiscardo, favorì l’ampliamento del nucleo abitato verso Porta Pozzi e l’allargamento del territorio di Biccari. Con Guglielmo de Riccardo, Biccari divenne una baronia della contea di Civitate.

In età sveva, dopo la morte di Federico II, il castello fu dato da Corrado IV a Giovanni Moro, servitore musulmano di suo padre. Dopo la morte di Corrado, Giovanni passò al fianco di Innocenzo IV mettendosi contro Manfredi di Sicilia: in una lettera del 3 novembre 1254, il papa conferma a Giovanni Moro alcuni possedimenti, tra cui il castello di Biccari e il castrum di Calatabiano, in cambio dei quali Giovanni doveva garantire, alla bisogna, aiuto militare per la difesa del Regno di Sicilia.

Nel 1283 era signore di Biccari Bertrando dei Reali, la cui figlia Filippa, sposando Giacomo Cantelmo, gli portò in dote il feudo di Biccari. Nel XV secolo fu dominio degli Stendardo, famiglia francese di nobile casato trasferitasi nel Regno di Napoli al seguito di Carlo I d’Angiò. È di Matteo Stendardo la costruzione della Croce litica di Porta Pozzi del 1473 e del Bianco Convento di Sant’Antonio completato nel 1477. Nel XVI secolo il feudo passò alla famiglia napoletana dei Caracciolo.

Nel 1534, Marcello Caracciolo ottenne dall’imperatore Carlo V d’Asburgo il titolo di conte di Biccari. A lui si dovette la costruzione del palazzo signorile, attualmente sede del municipio. La signoria dei Caracciolo terminò con la morte della contessa di Biccari Antonia (1725) e il feudo passò al marito Giambattista di Capua, principe della Riccia. Nel 1792 alla morte del figlio di suo figlio, Bartolomeo di Capua, non essendoci discendenza, il feudo di Biccari passò alla regia corte di Napoli. È significativo che nel corso del Settecento Biccari non avesse fatto parte della Capitanata, bensì del Principato Ultra, e nel quadriennio 1743-46 era stato inoltre soggetto alla competenza territoriale del regio consolato di commercio di Ariano.

Nel 1860 Biccari fu interessata da una rivolta antiunitaria sedata nel sangue. Nel 1874, il procuratore fiscale del regio patrimonio separò i beni feudali sul territorio di Biccari, per poterli affidare a privati, liberandoli da ogni vincolo feudale.